生物安全柜的原理是氣體是從外部流入二級(jí)生物安全柜，通常稱為進(jìn)流。進(jìn)流能夠防止微生物操作時(shí)產(chǎn)生的氣溶膠從安全柜前面操作窗口逃逸到實(shí)驗(yàn)室內(nèi)。其經(jīng)過(guò)HEPA過(guò)濾的（無(wú)菌）空氣流過(guò)工作臺(tái)面。內(nèi)置風(fēng)機(jī)將空氣經(jīng)前面的開(kāi)口引入安全柜內(nèi)并進(jìn)入前面的進(jìn)風(fēng)格柵。因此沒(méi)有經(jīng)過(guò)過(guò)濾器過(guò)濾的空氣不會(huì)直接進(jìn)入工作區(qū)，從而保護(hù)安全柜內(nèi)部存放的樣品和儀器不被外界空氣所污染。
　　
　　實(shí)驗(yàn)室安全柜的*個(gè)特征就是由垂直層狀薄片的（無(wú)定向的）HEPA過(guò)濾器過(guò)濾后，再安全柜內(nèi)部形成向下流動(dòng)的氣流。氣流不斷地沖能可產(chǎn)生空氣傳播感染的安全柜內(nèi)部，從而避面存放在柜體內(nèi)的樣品受到感染。這樣的氣流被稱作下沉氣流。

    不同型號(hào)的二級(jí)生物安全柜主要區(qū)別在于：排氣的比例以及氣體經(jīng)過(guò)空氣高壓再循環(huán)的比例不同。不同的二級(jí)生物安全柜具有不同的排氣方式：有的安全柜將空氣過(guò)濾后直接排到室內(nèi)，有的是通過(guò)連接到通風(fēng)管道上的套管或通過(guò)建筑物的排風(fēng)系統(tǒng)排到建筑物外面。